Ce trouble est dû à un dysfonctionnement du muscle crico-pharyngien, qui forme le sphincter circulaire de l'œsophage supérieur. Chez le sujet sain, ce muscle reste en contraction permanente et ne se relâche que pour laisser passer les aliments vers le bas, ou lors des rots ou des vomissements. Dans le R-CPD syndrome, il ne s'ouvre pas pour libérer le gaz piégé : celui-ci s'accumule dans l'œsophage, l'estomac et les intestins.